STMT Malahayati  didirikan pada tanggal 12 November Tahun 2000, dibawah pembinaan Yayasan Pendidikan Malahayati Jakarta. Selanjutnya STMT Malahayati memperoleh perijinan berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor:70/D/O/2002 tanggal 4 April 2002, untuk Program Sarjana Strata Satu (S1) Manajemen Transportasi Laut, Darat, Udara yang sudah terakreditasi BAN-PT. STMT Malahayati bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi kerja dibidang Manajemen Bidang Transportasi Laut, Darat, Udara Dan bidang Kelogistikan dan material yang profesional.